Sim, eles são perfeitamente compatíveis com versões anteriores.
Also, the new standard is backwards compatible with SATA 3 Gbit/s. [14]
Considerando que o SATA é uma interface padrão, não importa se é um disco rígido ou uma unidade de disco, ele deve funcionar com todos os dispositivos compatíveis com SATA.
Mas claro que você não terá mais desempenho se a unidade em si não permitir algo acima de 3 Gb / s. No entanto, se você tiver algum SSD (rápido), seria uma boa ideia conectá-lo a essas portas.
Se você não sente vontade de substituir a placa-mãe e ainda tem algum espaço no seu gabinete, você pode obter um adaptador PCI SATA, assim você pode evitar usar totalmente as portas SATA 3 potencialmente danificadas