O Windows Vista em diante alinhará automaticamente as partições corretamente usando as ferramentas incorporadas: source
Essa página da OCZ também detalha as etapas necessárias para alinhar corretamente as partições no Windows XP.
O GParted é uma ferramenta gratuita que também pode alinhar as partições corretamente e tem uma versão do LiveCD que você pode usar.
Para verificar o alinhamento, você pode verificar a resposta aceita em esta questão .
Embora, como você disse, você esteja usando uma unidade antiga não SSD, o alinhamento é realmente importante?