Como resposta em este tópico na Microsoft responde afirma:
There's no need to scan email, only attachments and that is done by all modern antimalware programs as the files are written to the PC file system.
Portanto, enquanto o MSE verificar os anexos antes que eles sejam salvos ou abertos, você deve ser tão seguro quanto você estaria executando qualquer outro verificador de vírus.
Outra coisa a se fazer para se proteger enquanto lê e-mails é visualizá-los como texto simples (em vez de HTML) e certificar-se de que seu cliente de e-mail não execute scripts que possam estar ocultos neles.