Os programas são classificados como tal porque possuem um atalho real nos programas do menu iniciar (C: \ ProgramData \ Microsoft \ Windows \ Menu Iniciar \ Programas).
Seu exe é encontrado na pesquisa secundária de arquivos porque está em sua área de trabalho. Se você fosse criar um atalho para o seu exe no menu Iniciar, ele apareceria na seção Programas. Ou clique com o botão direito do mouse no exe e selecione Fixar no Menu Iniciar ou na Barra de Tarefas.
Tenho certeza de que há alguns bons recursos do funcionamento interno do menu Iniciar, mas tenho a tendência de tentar descobrir por que as coisas funcionam da maneira como funcionam, através de tentativa e erro, de modo que não sei de nenhuma mão. Com relação ao seu exemplo específico de Proc Exp, parece que ele pesquisa palavras individuais e, se não houver espaço no ProcessExplorer, seria considerado uma palavra e não corresponderia ao Proc Exp.