Tente usar o pendrive em um computador com Linux. O Linux não apenas ignorará a maioria dos vírus que estão na unidade, mas também verá todos os arquivos, independentemente de estarem ocultos.
Parece que o seu computador tem um vírus, não apenas o pen drive. Você deve ver a pergunta: O computador está infectado por um vírus ou malware, o que eu faço agora?