Eu tive esse mesmo problema com o filho de unha (herança mailx) em um Redhat ES 6.1. O problema no final resumia-se ao arquivo não ser um arquivo padrão ascii, unix (isto é, somente LF).
Eu resolvi esse problema removendo os caracteres do arquivo antes de enviar o e-mail.
cat logfile | sed 's/\r//' > logfile.new