Se você quiser criar uma duplicata exata, use a seguinte versão (o que equivale a adicionar / E e / PURGE:
robocopy c:\source d:\destination /MIR
Se tudo o que você quer fazer é copiar os diretórios e subdiretórios, incluindo os vazios, use
robocopy c:\source d:\destination /E
É a barra invertida na opção E que estava conseguindo você.
Para saber mais sobre o Robocopy, aqui está uma pesquisa prática: