Muito boas soluções apresentadas, obrigado!
Eu olhei em todos eles, mas finalmente terminei SyncBackPro ( link ) , que é exatamente o que eu estou procurando, e tem correções para todas as coisas que deram errado com os outros. Particularmente, a capacidade de redigitalizar a origem e o destino e reconstruir o índice com base nos arquivos reais de maneira rápida e fácil.
Até agora, está funcionando perfeitamente. Eu tive que ajustar um pouco para contornar alguns problemas de rede, problemas de arquivos bloqueados, etc, mas uma vez feito isso, é cabeça e ombros acima dos outros que eu usei e parece muito estável.