Os sistemas Unix, Windows e Mac têm os seus próprios caracteres de nova linha . Ao transferir arquivos como ASCII, a maioria dos clientes FTP converte essas novas linhas, se aplicável. Então, um poderia configurar o Filezilla para lidar com arquivos de texto como ASCII.
No entanto, parece que as novas linhas nos arquivos no servidor não correspondem ao sistema operacional desse servidor. Assim, ao usar a conversão automática, as coisas ficam confusas. Então, como @Manni sugeriu: você precisa garantir que todos os arquivos sejam tratados como "binários", não como ASCII.
(Observe que muitos outros arquivos, como arquivos de programas, documentos do Word, músicas e imagens, sempre precisam ser transferidos como "binários" para garantir que nenhuma conversão automática seja feita.)