O Appdata é usado para configurações por usuário e armazenamentos de dados, para alcançar um grau de isolamento do usuário. O perfil do sistema não é um modelo, é o diretório do perfil da conta de usuário do sistema, que é o usuário executando a instância do host do processo raiz do IIS (observe que os processos w3wp são executados sob a identidade associada a um pool de aplicativos e não ao processo raiz do IIS. e não são executados a partir de um processo de host de serviço).
confira este exemplo usando o PSEXEC para efetuar o login como sistema. assim como% appdata% resolve para o usuário logado ~ \ AppData \, então funciona para a conta do Sistema:
Windows PowerShell
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PS C:\Windows\system32> psexec -s \localhost cmd
PsExec v1.98 - Execute processes remotely
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Sysinternals - www.sysinternals.com
Microsoft Windows [Version 6.1.7601]
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C:\Windows\system32>whoami
nt authority\system
C:\Windows\system32>cd %appdata%
C:\Windows\System32\config\systemprofile\AppData\Roaming>