TL; versão dr: o sistema de arquivos define métodos para armazenar e receber dados, não o formato dos dados em si.
Existe uma conversão implícita, mas isso não é feito com o consentimento dos clientes de email. O cliente de email lê dados em um sistema NTFS e obtém um bloco de dados que é uma imagem JPEG. Ele envia em um envelope comum simples e diz "aqui estão alguns dados, faça como você deseja. Ele costumava ter este nome fish.jpg
mas eu não ligo para o que você nomeia". Ele não possui nenhuma informação de sistema de arquivos naquele momento, é literalmente apenas um bloco de dados que contém uma imagem JPEG. O cliente de e-mail receptor vê um bloco de dados, decodifica-o e encontra uma imagem JPEG, depois você o salva localmente em seu próprio sistema, em qualquer sistema de arquivos que o computador tenha.
O computador é como o seu grupo de bibliotecas locais. Eles usam o sistema decimal de Dewey para localizar livros. Ele armazena livros (arquivos), mas o conteúdo desses livros será o mesmo, não importa onde esteja na biblioteca. Se você postar o livro em outra biblioteca (e-mail), o conteúdo do livro continuará exatamente igual.
Quando você copia o livro para o disco USB, o computador configura uma nova biblioteca usando o sistema decimal Dewey e retira o livro. O conteúdo do livro ainda é o mesmo, mas agora está em outro sistema de biblioteca.
Se você for para outro computador, para descobrir onde o livro está armazenado em sua nova biblioteca, ele precisará entender o sistema de arquivamento usado pela biblioteca. Se eles não souberem como navegar em seu complicado sistema de bibliotecas e só souberem usar seu próprio sistema de bibliotecas, eles não poderão encontrar seu livro lá.
Quando você postar o livro para alguém que você está retirando todas as informações de arquivamento e dizendo "aqui está um livro" e deixá-los fazer o que quiserem com ele. O email tem uma maneira comum e simples de armazenar dados para transferência. Embora precise de um sistema de arquivos para armazenar os dados, ele não precisa se preocupar com o sistema de arquivos para enviar dados.
O sistema de arquivamento usado não define ou altera os dados que são realmente armazenados, apenas define como ele é armazenado.