Você pode fazer isso com o filtro drawtext . Sua compilação precisará ser compilada com --enable-libfreetype . A maioria das compilações estáticas de ffmpeg para Windows e Linux parece oferecer suporte a esse filtro. Veja a página de download do FFmpeg para links.
timestamp
duração

ffmpeg-iinput-vf"drawtext=fontfile=/usr/share/fonts/TTF/Vera.ttf: text='%{pts\:hms}': x=(w-tw)/2: y=h-(2*lh): fontcolor=white: box=1: boxcolor=0x00000000@1" image%03d.png
hora atual

ffmpeg-iinput-vf"drawtext=fontfile=/usr/share/fonts/TTF/Vera.ttf: text='%{localtime}': x=(w-tw)/2: y=h-(2*lh): fontcolor=white: box=1: boxcolor=0x00000000@1" image%03d.png
timecode

PAL25quadrosporsegundosemquadros:
ffmpeg-iinput-vf"drawtext=fontfile=/usr/share/fonts/TTF/Vera.ttf: timecode='00\:00\:00\:00': r=25: x=(w-tw)/2: y=h-(2*lh): fontcolor=white: box=1: boxcolor=0x00000000@1" image%03d.png
Isso é adaptado do exemplo Queimados em timecode no Wiki do FFmpeg . A opção r definirá a taxa de quadros de timecode.