Para copiar apenas todos os arquivos & as pastas usam o utilitário de linha de comando robocopy (cópia de arquivo robusta) da Microsoft.
Uso básico:
robocopy X:\ Y:\destination-dir\ /MIR
Isso copiará todo o conteúdo de X:\ para Y:\destination-dir\ e também removerá todos os dados em destination-dir\ não existentes em X:\ , portanto, use com cautela. Execute este comando, personalizado para suas letras de unidade, e use diretórios de destino diferentes ou o primeiro será excluído!
Você pode querer executar este comando como administrador para copiar arquivos aos quais não tem acesso.
Mais informações sobre robocopy & seu uso: link