Quebra o nome-espaço com aspas duplas novamente.
winscp.com /command "option echo off" "option batch on" "option confirm off" "open sftp" "put ""C:\abc\EXCEL\RestaurantAutomation\RestaurantReport_2012120172514\x y Report_P10_0010050075.xls"" ""/abc/MG0047/System Generated/x y Report_P10_0010050075.xls""" "exit"
Atualização: atualizou o comando.