A afinidade de CPU pode ser definida em um .exe. Houve um programa chamado imagecfg que veio com uma versão antiga do Resource Kit. Ele permite que você defina a máscara de afinidade em um exe ou defina-a como "uniprocessador" (que significa "escolha qualquer processador"), defina o sinalizador de endereço grande e outras coisas.
Isso não é feito por padrão para qualquer exe fornecido com o Windows. Mas algo que você instalou pode ter feito isso para explorer.exe.
Como o shf301 disse, também é possível que uma extensão do shell tenha feito isso na sua instância do explorer. Você pode examinar (e desativar experimentalmente) suas extensões de shell com a ferramenta ShellExView da NirSoft: link