O problema com o seu comando é que as barras invertidas são tratadas como caracteres de escape, e não contra barras invertidas.
Você pode superar isso armazenando o nome do diretório com escape em uma variável auxiliar %dir% :
for /f "tokens=*" %a in ('echo %cd%^| sed "s/\/\\/g"') do set dir=%a
(Se usado em um arquivo de lote, substitua cada %a por %%a .)
Você pode usar sed como de costume agora:
my_command | sed "s/%dir%//ig"