Pesquisando o meu comando ffmpeg deveria ter sido mais parecido com isto
ffmpeg -i InputFile -ss StartTime -t Duration Outputfiless
ffmpeg -i input.mp4 -ss 00:07:38 -t 00:07:36 output.mp4
-ss sendo a hora no vídeo para iniciar o clipe, -t a duração do clipe. Nunca use mais de 60 unidades por minutos ou segundos. Por exemplo, se a duração for 6 minutos e 62 segundos, escreva 07:02, por sete minutos e dois segundos
Eu entrei na lista de e-mail GNUMailman do ffmpeg-users. Disseram-me que a família de distribuições Ubuntu usa uma porta de ffmpeg antiga, sem bugs e sem suporte.
Foi-me dito que se eu quisesse que o ffmpeg trabalhasse até na mais recente distribuição da família Ubuntu eu precisaria obter o código-fonte diretamente do projeto ffmpeg, compilá-lo e configurá-lo eu mesmo.
HTH
Steve