Com base na solicitação para que funcione como você estava usando como aplicativo no Windows, parece que X é a melhor opção. O VNC é um protocolo remoto simples, mas sempre parece sufocar em alguma condição que o torne menos do que ideal para uso sério. Outro comentário é que muitos pacotes de antivírus gostam de reclamar de alguns componentes no VNC, geralmente relatando o software de captura de visão como cavalos de Tróia. Eles não são, mas se você estiver em um ambiente estritamente corporativo, o X é mais tolerado que o VNC.