MyDefrag é gratuito e oferece uma linguagem de script e otimização (reordenação) por caminho; "System Disk Monthly" e "Data Disk Monthly" fazem isso. Melhor parte: você pode editar esses scripts e fazer o seu próprio; observe a funcionalidade "zona", etc. link
Considere, se você ainda não sabia: o acesso ao disco na borda externa do disco (início lógico da unidade) é significativamente mais rápido do que no final (borda interna)
Por fim: pense em quanto vale o seu tempo e considere um SSD se o IO aleatório for realmente importante; Hoje em dia, os preços estão ficando bastante razoáveis, aproximando-se dos drives de 10k RPM. Se você obtiver um SSD e precisar da IOPS mais alta, alguns benchmarks feitos por sites de análise de hardware mostraram que a velocidade da interface SATA tem um impacto significativo na IOPS.