Não há problema em compilar no próprio repositório. Novos arquivos são ignorados pelo Git até que você os adicione manualmente pela primeira vez. (Você pode usar make mrproper ou git clean -dfx para se livrar da saída de compilação.)
Trata-se de práticas comuns. Eu tenho um repositório git contendo o kernel do Linux. Agora eu quero construir este kernel Linux. Devo copiar as fontes fora do repositório git e depois construir o kernel? Ou, devo executar a compilação dentro do próprio repositório git? Minha preocupação é com os muitos arquivos que são criados durante um processo de construção que, creio eu, não devem ser incluídos no repositório git.
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