Observe que, no Windows, é necessário instalar diferentes drivers do controlador de disco para corresponder a diferentes modos SATA e suspeito que alguns drivers do modo RAID podem ser melhores / piores do que os drivers AHCI. (No meu chipset AMD SB710, o driver RAID parece estar mais lento.) Ou talvez os fornecedores de computadores recomendem que você use o modo RAID para não precisar reinstalar os drivers se mudar para RAID (através do eSATA ou do segundo compartimento da unidade?).
Se você usa o Windows e não tem medo de telas azuis, pode alternar entre esses dois modos e usar software de benchmark de disco para determinar qual modo é mais eficiente. Certifique-se de alterar primeiro o driver e, em seguida, alterar o modo no BIOS.