O mais provável é que haja alguns problemas. Uma é o fato de que você está copiando apenas uma das partições do sistema operacional enquanto o dualboot geralmente é manipulado pelo carregador do Unix.
O outro problema pode ser o próprio software, já que ele não copia a partição de inicialização do Windows (*) corretamente.
Minha sugestão é que, se você quiser copiar apenas o sistema operacional Windows, basta ir em frente e clonar a partição não nomeada e a que contém as janelas. Em seguida, desconecte o HDD, execute o disco de instalação do Windows ou o USB e selecione a opção de reparo. Isso quase certamente consertará o processo de inicialização.
Se você quiser manter o estado existente, faça um clone de disco inteiro e poderá usar o software mais tarde para mover e redimensionar as partições como desejar. O Hiren bootcd contém o que você precisa para isso. E você pode usar Rufus para fazer USB inicializável