A opção setor por setor não fará diferença para um backup ou clone normal de seu sistema. Você não precisa verificar essa opção. A localização física de um arquivo dentro de uma partição é praticamente irrelevante para o uso diário. Se o seu disco estava em processo de falha (aumentando os blocos defeituosos, etc) e você queria fazer um "instantâneo" da unidade para ajudar na recuperação, uma cópia setor por setor tentaria fazer isso. Isso significa que você pode executar utilitários de recuperação no novo disco rígido, em vez de em um disco com falha, que pode estar perdendo mais e mais dados ao tentar acessá-lo.