Aqui o seu comando de problema número 8:
rm ~/ .config/vlc.old
O que você fez aqui?
Quando existe um espaço entre um caminho o comando considera outra opção, o que quero dizer no comando aboce você pede ao sistema para deletar todos os arquivos sob sua home ~/ e deletar a pasta .config/vlc.old .
O comando correto tem que ser assim:
rm ~/.config/vlc.old
Para isso, é melhor usar sempre aspas '' dentro do caminho, como
rm '~/.config/vlc.old'
Agora como resolver isso?
Se você precisar que os dados estivessem em sua casa, deverá ter alguma recuperação de dados. Dê uma olhada na minha resposta: link
Se você não precisar desses arquivos e quiser apenas seus diretórios de usuários "conhecidos" como a pasta da área de trabalho e a pasta de músicas, você pode restaurar fazendo log-in e, em seguida, faça o login novamente. Se isso não funcionar, faça isso:
gedit ~/.config/user-dirs.dirs
Adicione essas linhas e salve e faça logout, em seguida, faça login:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Downloads"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/Templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Public"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"