Se não é a página da web que está tentando esconder o ponteiro (isso acontece em páginas diferentes?), então poderia ser apenas as opções de ponteiro do mouse:
Eu tenho o seguinte tipo de problema: o cursor do mouse, quando na janela do navegador, começa a piscar: vários segundos é visível, os próximos segundos não são. Acontece em ambos os navegadores instalados - IE e Chrome.
Qual poderia ser o motivo disso? Como isso poderia ser corrigido?
Editado (adicionado):
Após algumas pesquisas (instalação de browswers adicionais, fechamento de páginas abertas uma após a outra e depois abri-las uma a uma em um novo navegador), descobri que o motivo para isso era uma página (um dos blogs do blogspot). Quando esta página foi aberta (em qualquer navegador), o efeito de piscar apareceu em todas as páginas deste navegador.
eu também tenho esse problema. desde que eu estava tropeçando em sites antes de eu desligar meu computador, a última página a vir na reinicialização foi isso e sempre que essa página é carregada, meu cursor fica maluco em outras guias do meu navegador. Portanto, se você tiver muitas guias abertas no navegador, verifique qual delas tem flash.
A solução mais fácil é acessar as configurações do Google Chrome e desativar a opção Aceleração de hardware. Se isso já estiver desativado, ative ou desative-o para resolver o problema. Não se esqueça de atualizar para a versão mais recente do navegador Google Chrome, independentemente da plataforma que você está usando.
Fonte, minha postagem: corrija problemas de desaparecimento de mouse no Chrome