Um pouco de pesquisa adicional descobriu que o arquivo incorreto era ~/.local/share/applications/mimeapps.lst
Eu instalei o evince no meu sistema Arch Linux como um leitor de PDF e tudo ficou bem por um tempo. E então eu instalei o GIMP. Desde então, os arquivos PDF foram abertos no GIMP. Eu tentei reinstalar evince, eu tentei editar ~/.local/share/applications/defaults.list , eu tentei editar /usr/share/applications/mimeinfo.cache , mas arquivos PDF ainda abrem no GIMP por padrão.
Um pouco de pesquisa adicional descobriu que o arquivo incorreto era ~/.local/share/applications/mimeapps.lst
Descobri que o Firefox usa o padrão XDG, portanto, usar os aplicativos de linha de comando XDG para definir aplicativos padrão resolveu o problema para mim.
$ xdg-mime default evince.desktop application/pdf
Isto diz qualquer coisa usando o XDG para usar o Evince para abrir arquivos application/pdf .
Há mais informações onde eu encontrei isso, no Wiki do ArchLinux .