Então, em suma, sua resposta é não.
De acordo com este artigo que eu encontrei, o Wubi "tem o efeito colateral de permitir que você rode aplicativos Linux dentro um ambiente Windows. " Eu achei esta afirmação muito intrigante: é realmente possível rodar aplicativos Linux no Windows (sem reiniciar) usando o Wubi? Eu sei que existem outras soluções (como o coLinux), mas a execução de aplicativos Linux no Windows usando o Wubi também pode ser útil.
Então, em suma, sua resposta é não.
Eu acho que no passado, quando você instalou o Wubi, ele também instala o Virtualbox e configura-o para usar a mesma imagem, então isso pode ser o que o artigo se refere. Eu não sei se esse ainda é o caso, no entanto. Ele não está realmente rodando "no windows", mas se você tiver um gerenciador de janelas não-baseado em Unity e o modo Virtualbox sem problemas, certamente ele pode parecer semelhante.
A principal diferença entre o Wubi e uma instalação normal é que ele instala o sistema de arquivos linux em um arquivo dentro de sua partição NTFS, ao invés de fazer uma partição separada. No entanto, você não está "executando o Windows" em nenhum sentido significativo quando inicializa normalmente em uma instalação do Wubi. O kernel carrega normalmente, e carrega um driver ntfs de um initrd, e então encontra a imagem Wubi e monta-a como o sistema de arquivos raiz (veja pivot_root para saber como montar um sistema de arquivos raiz enquanto ele já está em execução)
Veja também Qual é a diferença entre o Wubi e uma instalação normal?
Não, não realmente. Wubi é diferente. Ele permite instalar o Ubuntu em uma imagem e inicializá-lo nativamente. Quando você obtém o carregador do Windows, ele permite que você opte por inicializar um GRUB em um dispositivo de loopback. Para rodar programas Linux no Windows, onde eles aparecem como Windows separados, você vai querer uma versão mais antiga do Ubuntu (antes do Unity), ou uma distro não unitária como o Xubuntu, o Kubuntu ou o Lubuntu, e o Virtualbox. Quando você usa o Unity, o modo contínuo não separa as janelas.
O Wubi permite instalar o Linux a partir do Windows. Afaik mesmo dentro de uma partição do Windows sem reparticionar (usando um arquivo de imagem). Tanto quanto eu entendo isso não é o que você está procurando.
Mas ... você ficará intrigado com o Cygwin. É o oposto do Wine, mas funciona muito melhor. O Cygwin fornece chamadas API do Linux no Windows e pode executar quase todos os aplicativos nativos do Linux (exceto algumas tarefas específicas do sistema muito . O Cygwin fornece um X-Server e permite ssh -X a um host * nix veja as janelas do aplicativo X11 pela rede.
Tags wubi