Neste momento, existem apenas alguns hipervisores que suportam o Aero. Tanto quanto sei, eles são Parallels 4, Hyper-V Server e VMWare Workstation 7. O problema é um driver de vídeo WDDM que atende aos requisitos. Como a virtualização abstrai esse hardware, você não obtém toda a potência da placa de vídeo.
Se você clicar no botão Iniciar orb e digitar Aero na caixa de pesquisa, verá "Localizar e corrigir problemas com transparência". Se você clicar nesse botão, ele informará qual é o problema que está impedindo a execução do Aero. Se ele disser que a placa de vídeo não oferece suporte e você não estiver executando um dos hipervisores mencionados anteriormente, provavelmente você está sem sorte.
Observe que você PODE obter o Aero em uma VM pela Área de Trabalho Remota se tiver as configurações de experiência completas e também estiver executando o Windows 7 na máquina host. Assim, você poderia ativá-lo no Virtualbox ou VMWare Player, minimizá-lo e, em seguida, RDP na VM e ter uma interface Aero. Isso funciona porque os gráficos são renderizados pelo computador host e não pela VM ao usar o RDP.