Estou tendo exatamente o mesmo problema, mas tenho mais algumas ferramentas à minha disposição para diagnosticar. Espero que isso possa contribuir para futuros diagnósticos.
Talvez a fonte de alimentação?
Eu tenho dois discos rígidos conectados via SATA. A unidade menor / antiga contém o sistema operacional e começou a ter problemas logo após, mas não logo depois, eu troquei a PSU (500W, ela falhou após 6 anos) por 450W no começo, que estava alimentando minha placa de vídeo para 600W que funcionou como um encanto. Esse evento me fez pensar que era um problema de PSU, já que eu não acredito em coincidências.
Talvez o disco rígido antigo esteja com defeito?
Os outros / mais recentes discos rígidos sempre foram detectados, mas não continham sistemas operacionais que não pudessem ser inicializados. No começo, foram necessárias apenas algumas tentativas para detectá-lo e inicializá-lo, mas todas as vezes ele parecia piorar. Isso combinado com o fato de que a unidade também tinha 6 anos e os recentes problemas de energia me levaram à mesma conclusão que Josh. Então eu rapidamente fiz backup de tudo, pois não sabia quantas botas eu tinha deixado.
Talvez o conector SATA da placa-mãe esteja com defeito?
Recentemente, descobri que a única maneira de fazer o disco detectar é trocar o conector SATA na placa-mãe - já tentei trocar cabos - e até agora ele inicializa se eu trocá-los, mas cada nova inicialização exige uma troca. Além disso, minha unidade de DVD agora não está sendo reconhecida às vezes. Isso me leva a acreditar que é um problema controlador / mobo SATA.