Eu tenho que dizer que eu principalmente peill texto de controle de revisão. Eu me esforço para obter o máximo possível de informações em formato de texto. Dito isso, eu usei o svn para controlar arquivos de dados binários por anos. Nenhuma experiência pessoal com o seu formato de arquivo, mas recentemente eu estive mucking sobre um monte de excel & acesso e, especialmente, para os arquivos de acesso eles ficaram bem grandes. 50MB era típico. O TortoiseSVN tem uma interface svn do windows muito agradável e NautilusSVN é o equivalente do linux / gnome.
A coisa que eu gosto sobre o controle de revisão de arquivos do Excel com o TortoiseSVN irá mostrar suas diferenças entre os dois arquivos do Excel lado a lado. Prático quando você precisar.