Você pode usar o applescript. Isso ativará o alarme do iCal:
tell application "iCal Helper"
activate
end tell
Você pode usar algo como FastScripts, QuickSilver, LaunchBar ou o aplicativo de atalho de teclado de sua escolha para iniciar o script com um atalho de teclado de sua escolha e, em seguida, digitar escape para descartá-lo.
Eu não acho que o aplicativo iCal Helper é scriptable além deste como eu não consegui obter uma chave de escape ou um clique do mouse via coordenadas do mouse para passar para ele. Ainda assim, você poderia dar ao script um atalho como Option-Escape, e depois seguir com outro escape manualmente para descartá-lo.
Eu não consegui fazer isso funcionar no 10.5.8, mas talvez o iCal Helper seja mais programável em 10.6?
tell application "iCal Helper"
activate
click at {1062, 300}
end tell
Eu tenho as coordenadas, digitando Command Shift 4 como o aplicativo de captura de tela dá coordenadas. Os alarmes aparecem convenientemente no mesmo local, mas a resolução do seu monitor fará com que suas coordenadas sejam diferentes das minhas. Se alguém tiver mais conhecimento sobre o AppleScript do que eu, estou curioso para saber por que exatamente a linha "clique em" acima não funciona.