Se você quiser que ele seja usado da mesma maneira que o FileVault (não criptografado no login, criptografado automaticamente no logout), basta mover os dados para algum lugar no diretório de usuário, configurar suas permissões corretamente e, em seguida, criar um link simbólico aos dados da localização padrão.
Se você quiser apenas criar um arquivo criptografado, poderá fazê-lo com um DMG criptografado no Utilitário de Disco.