A sua configuração do Ubuntu tem um layout de teclado estranho ou remapear as teclas?
Vá para Sistema, Preferências e Teclado e escolha a guia Layouts. Acho que o teclado genérico de 104 teclas funciona melhor, pois inclui as teclas Win (também tenho as teclas multimídia padrão e elas ainda funcionam). Isso parece fazer as coisas funcionarem, não importa qual aplicativo de terminal eu esteja usando ou se estou usando o SSH.
Além disso, verifique se a tecla Alt não está mapeada para algo, marcando as opções de layout.