Eu percebo que este é um post antigo, mas para aqueles que procuram:
Na verdade, ele realmente suporta 64 bits, isso é da página inicial do Sandboxie -
" Divulgação completa: A edição de 64 bits do Sandboxie oferece um nível de proteção reduzido em comparação com a edição de 32 bits do Sandboxie.
Essa falha é o resultado de um novo recurso de segurança introduzido nas edições de 64 bits do Windows, chamado Kernel Patch Protection. Esse recurso tem como objetivo proteger o núcleo do Windows (o kernel), realizando verificações automáticas regularmente para detectar alterações.
O problema é que o kernel do Windows não fornece todas as facilidades necessárias para implementar uma solução de segurança como o Sandboxie. No Windows de 32 bits, o Sandboxie pode aprimorar dinamicamente o kernel do Windows para fornecer a funcionalidade ausente. Isso não é possível no Windows de 64 bits, devido ao recurso Kernel Patch Protection.
Deve-se notar, no entanto, que mesmo com esta desvantagem, a edição de 64-bit do Sandboxie ainda é uma linha de frente de defesa adequada contra a maioria dos tipos de software malicioso.
Além disso, a fim de compensar essa desvantagem, a edição de 64 bits do Sandboxie ativa a configuração Drop Rights por padrão. Essa configuração pode precisar ser desativada antes que o software possa ser instalado em uma sandbox. "
Então, basicamente, como você não pode fazer engenharia reversa legal e recompilar o kernel do Windows, a virtualização e a emulação são as únicas alternativas para um ambiente Windows x64. No Linux e no Unix x64, esse não é o caso.