Você precisará fazer alguns ajustes para garantir que o PDFsam correto, mas PDF , tenha sido construído em um plug-in de mixagem alternativo que ' Vou fazer o truque. Você precisa ter certeza de que as páginas estão em ordem, você tem um arquivo para páginas ímpares e pares (sem pular espaços em branco - Ele irá ingenuamente intercalá-las!), E você carregou os arquivos com as páginas pares e ímpares ordem. Se uma das pilhas for digitalizada na ordem inversa, há uma opção para isso (a captura de tela, da manual mostra o 2º documento invertido por exemplo)
Precisa de java, mas geralmente é bem rápido.