Essa pasta deve conter apenas arquivos e arquivos de perfil específicos do Wine instalados no ambiente virtual semelhante ao Windows via Wine. Sua estrutura básica é facilmente recriada executando wine
novamente.
Você pode / deve verificar por que ocupa muito espaço, para não excluir acidentalmente alguns dados úteis que você esqueceu. Acabei de fazer um teste, e um diretório limpo de perfil do Wine ocupa 16 MB no meu sistema - se o seu é muito maior, você provavelmente tem algo escondido lá.