A solução tinha duas partes:
Parte 1: A sintaxe do comando em lote estava errada, especialmente as aspas precisam ser configuradas corretamente:
for %%x in (*.png) do "C:\Program files\GIMP\bin\gimp-2.8" -i -b "(script-fu-functionname \"%%x\"
Partes 2: Gimp sempre esperando "pressionar qualquer tecla" deveu-se ao binário errado usado: Em vez de gimp-2.8
, gimp-console-2.8
deve ser usado.
Obrigado, Karan , por sugerir as soluções.