Eu vi esse problema acontecer quando o Notepad ++ falha quando é fechado. Embora a janela do aplicativo pareça fechar, o processo do Notepad ++ ainda está em execução. Você pode verificar o gerenciador de tarefas e eliminá-lo de lá.
Isso geralmente é causado por um plug-in. Você pode mover ou renomear o diretório do plugin e ver se o Notepad ++ fecha corretamente. Se isso acontecer, adicione os plug-ins um de cada vez para identificar o que está se comportando mal.