/ X não deve ser usado em volumes do sistema em execução, como C, porque eles tentariam desmontar a própria unidade em que o sistema operacional está sendo executado. nada a ver com danificar a unidade propriamente dita, mas você poderia danificar os arquivos que estavam abertos para gravação no momento em que você executou o comando.
Se você usar o Windows Explorer para iniciar uma varredura de disco, deverá agendar a varredura na próxima reinicialização para que possa ocorrer antes que o sistema seja ativado. Eu recomendo que você faça isso, ou inicie a partir de um CD do Windows no modo de recuperação, e execute o comando a partir daí.