Você usou a mesma tabela de partições da unidade que estava clonando, isso é como um índice de todos os setores disponíveis / usados. Você precisa ter certeza de que a tabela de partição está ajustada proporcionalmente, caso contrário, ela apenas clonará a tabela de partição com os dados e a unidade ainda informará ao sistema operacional se ela é fisicamente do mesmo tamanho.
No clonezilla, a opção é -K1 (criar tabela de partição proporcionalmente):