Graças a uma postagem nos fóruns do NSIS , aprendi que, quando você associa uma extensão de arquivo manualmente, o Explorer cria uma chave de registro que substitui as configurações do sistema para essa extensão. No caso de arquivos NSIS, esta chave é:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts.nsi
Se você excluir essa chave, perderá sua associação do editor de texto, mas recuperará os itens do menu de contexto após reiniciar o Explorer.