Não encontrei outra solução, então fiz o que o golimar disse.
Aqui está um script simples que procura .bat arquivos em um diretório específico e cria aliases.
Por exemplo, se houver um arquivo git.bat em /some/path , haverá um alias git que aponta para ele.
Adicione isso ao seu ~/.bashrc ou ~/.zshrc ou o que você estiver usando:
for f in /some/path/*.bat; do alias 'basename "${f%.bat}"'=$f; done