Você pode usar o AutoHotkey . Vários anos atrás, "evl" postou um script que faz exatamente o que você quer:
Middle click sends a normal middle click unless:
Over the taskbar: Closes the window whose button is under the mouse (aborts if window prompts to save,etc).
Over the titlebar of a window: closes the window (can be made more sensitive to specific window areas - see Shimanov's post: http://www.autohotkey.com/forum/viewtopic.php?t=8486).
Over an internet explorer class window: Opens a link in a new window (keep holding the button down to switch back to the original window).
Você pode executá-lo como um script ou compilar para que ele seja executado como um programa em segundo plano.