Essa funcionalidade foi incorporada ao iOS 7 para interromper um problema de segurança no iOS, onde os sistemas Linux se apresentam como um carregador, deixando o iPhone / iPad conectado vulnerável à manipulação pelo Linux. Por isso, seria lógico que tal função funcionasse corretamente no Ubuntu.
Ainda não consegui encontrar nenhuma solução, mas o problema parece ser que a questão se torna um loop infinito.
Informações sobre a nova funcionalidade do iOS 7 para perguntar se você confia na conexão do computador podem ser encontradas aqui: link