Bem, eu mesmo responderei a pergunta assim que o problema for resolvido: Foi causado por um KVM entre o MacBook Pro e meus fones de ouvido.
É muito estúpido para mim que eu tenha esquecido, mas na bagunça da minha mesa eu realmente não percebi que a porta de áudio está conectada a ela.
No entanto, ainda é estranho que a porta de áudio de um PC Windows conectado ao mesmo KVM não tenha produzido nenhum ruído similar, talvez o cabo entre o KVM e o MacBook Pro tenha sido coletado.