Para armazenar arquivos em um pen drive USB inicializável com um sistema operacional, é necessário configurar o armazenamento persistente quando você originalmente o cria, então cada vez que inicializar os arquivos do sistema operacional USB e as configurações da sessão anterior, devem ser salvos. Consulte estas instruções sobre como realizar armazenamento persistente em muitas distribuições Linux diferentes.
Você também pode montar o disco rígido (na maioria das distribuições Linux) do computador que está usando para executar o sistema operacional USB e armazená-los em uma pasta no disco rígido. Então, da próxima vez que você inicializar no sistema operacional normal do computador, os arquivos devem estar onde você os armazenou e podem pegá-los sempre que você inicializar no sistema operacional USB. No entanto, esta opção não é portátil como a opção de armazenamento persistente.