rbtray, traydevil e dm2 são todos utilitários para executar processos na bandeja.
Eu não acho que isso é algo que você poderia simplesmente codificar em um arquivo de lote nativamente.
Existe algum código simples que faça com que o meu processo de arquivo em lote, quando executado, vá para a área de notificação em vez da barra de tarefas?