O SSHD otimiza o nível de bloco que bloqueia para armazenar na parte SSD. Blocos que são acessados com frequência são armazenados lá.
Criptografia de disco completo como TrueCrypt ou dm-crypt usam criptografia baseada em bloco. Portanto, há um mapeamento direto entre blocos físicos e blocos lógicos (embora eles não precisem ter o mesmo tamanho. Portanto, o mapeamento pode ser x blocos físicos para y blocos lógicos). Portanto, se você acessa um determinado arquivo com frequência, também acessa o mesmo bloco físico com frequência e o SSHD pode otimizar.
Portanto, usar um SSHD junto com a criptografia não deve alterar nada.
(Se houver SSHD que exija que um driver interaja com o sistema operacional, as coisas podem mudar. O WD-Black² é uma dessas unidades, mas o WD Black² não faz uso transparente da parte SSD.)