O terminal usado pelo gvim é um terminal muito burro. Entre outras coisas, não suporta seqüências de cores ANSI. Veja
:help gui-shell
por um pouco sobre isso. Se você iniciar um shell do gvim ( :sh ), poderá enviar seqüências de cores ANSI para o "terminal" (por exemplo, ls --color=always ) e verá as próprias seqüências de escape, não as cores.