Então, o que você está aludindo é que, embora o Gnome Shell apresente uma versão do menu "Aplicativos", ele (AFAIK) não apresenta o menu "Sistema" em nenhum lugar.
Então, você tem que ainda pode querer adicionar um lançador para a ferramenta que você quer rodar em algum lugar na árvore do menu Applications. Isso é fácil, mas não é trivial:
- Clique no seu nome no canto superior direito.
- Clique em Preferências do Sistema ... .
- Clique em "Main Menu" na seção Look-and-Feel do "Control Center" que aparece.
- Selecione a seção onde você deseja adicionar o lançador do centro de software - eu escolhi "Ferramentas do sistema".
- Clique no botão "novo item".
- Insira "software-center" como nome e comando.
- Clique em "OK".
- Clique em "Fechar".
Agora, quando você selecionar "Atividades" no canto superior esquerdo e, em seguida, o botão "mais" à direita da palavra "Aplicativos", você verá o novo lançador do seu centro de software listado no menu de ferramentas do sistema .
Eu tentei isso e funcionou perfeitamente.
EDIT: Eu não sei porque eu não vi lá; parece que já existe um lançador para isso; "Ubuntu Software Center" é um lançador na seção "Sistema" do centro de controle "Preferências do Sistema ...".
Eu não verifiquei, mas parece-me que o Gnome-Shell está apresentando o menu Aplicativos sob o botão "mais" que mencionei acima e apresentando o menu Sistema dentro do centro de controle que aparece quando você escolha "Preferências do Sistema ..."